Deșeuri de ulei, solvenți, reziduuri de vopsea și alte deșeuri inflamabile au fost utilizate ca combustibili suplimentari pentru cuptoarele de ciment. Această practică a început în Statele Unite în 1979, pentru a menține energia și a reduce costurile cu combustibilul și a fost satisfăcătoare în ceea ce privește calitatea produsului, ca impact asupra mediului. În plus, unele deșeuri solide pot fi utilizate ca combustibili, cum ar fi anvelopele uzate. Cerințele de materie primă pot fi satisfăcute, parțial, cu deșeurile (utilizate în mod obișnuit) din alte industrii: tencuială de plante de acid fosforic, pirite prăjite de producere de acid sulfuric, zgură de cuptoare înalte și cenușă a plantelor termoelectrice Plante.
Temperatura ridicată a flacării și natura produsului face cuptoarele de ciment atractive pentru a distruge o varietate de materiale organice periculoase. Manipulate corect, cuptoarele constituie o alternativă mult mai puțin costisitoare decât incineratoarele deșeurilor. Testele efectuate de Agenția SUA pentru Protecția Mediului Uu și alții au arătat că distrugerea compușilor organici, incluzând PCB-uri și pesticide organoclorură și meciurile, este egală sau depășește rezultatele obținute de incineratoarele de deșeuri periculoase pe care le operează la temperaturi mai scăzute. Mulți compuși metalici toxici pot fi arși în cuptoare de ciment în cantități care sunt suficient de mici și care nu afectează negativ calitatea produsului sau siguranța, deoarece acestea sunt legate de zgură și devin parte a produsului. Conduce, totuși, necesită o atenție deosebită; Până la jumătate, cantitatea introdusă părăsește cuptorul și precipită cu praful cuptorului. Reciclarea pulberii mărește concentrația de plumb până la punctul în care este legată și de zgură, dar o cantitate mică (0,2 până la 1,0%) scapă cu gazele de coș. Taliul este emis cu fumul din cuptor, adică, nu este legat de solide. Studiile comportamentului de mercur, până în anii 1990, au fost neconcludente.