El 1895, el Dakota de Sud State College (ara Universitat Estatal de Dakota de Sud), nomena Hansen per construir el seu Departament d’Horticultura. També es va exercir com a director de l’Estació Experimental de Dakota de Sud a Brookings.
Hansen va buscar noves herbes, fruites i altres plantes a tot Europa i Àsia. Ell va portar aquestes plantes de nou a Amèrica per plantar o creuar-se amb varietats americanes per produir unes plantes més forts. Va ser el creador de molts dels nous fruits, entre ells les prunes híbrides Hansen. Se li atribueix el descobriment i la introducció de la robusta alfals cosaca, herba de blat amb cresta i herba Bromus. Va desenvolupar albercocs i prunes més grans creuant varietats natives amb què ell va portar d’Àsia.
En un viatge de 1897 a Rússia, va trobar a la poma silvestre de carn vermella Malus niedzwetskyana i va començar dos programes de cria sobre la base d’aquesta fruita inusual, un destinat a desenvolupar una cocció resistent en fred per al consum de la poma, i l’altre destinat a desenvolupar pomes silvestres ornamentals. Els seus esforços van donar resultat en la poma i la pomera silvestre Almata Hopa, entre d’altres varietats. Quan va descobrir que el criador de poma a al nord-oest Albert Etter li havia passat al davant en la creació d’híbrids de carn vermella, li va escriure concedint-li la prioritat amb les paraules “Senyor Etter, m’has vençut en el meu destí.”
Hansen va ser membre de l’Jurat Internacional d’Horticultura a la Fira Mundial a Sant Lluís, Missouri el 1904 i un delegat dels Estats Units per al Primer Congrés Internacional de Genètica a Londres, Anglaterra en 1906. Es va exercir com a secretari de la Dakota de l’ sud Hortícola Societat durant molts anys. El 1949, un monument en reconeixement del Dr. Hansen i les seves contribucions es va erigir al campus de South Dakota State College.
Una col·lecció dels registres, documents de la facultat, i materials relacionats de Niels Ebbesen Hansen es mantenen en els Arxius de la Universitat Estatal de Dakota de Sud.
- l’abreviatura “NEHansen” s’empra per a indicar a Niels Ebbesen Hansen com autoritat en la descripció i classificació científica dels vegetals.