En 1895, o South Dakota State College (agora Southern Dakota State University), nome a Hansen para construír o seu departamento de horticultura. Tamén serviu como director da estación experimental de Dakota do Sur en Brookings.
Hansen buscou novas herbas, froitas e outras plantas en toda Europa e Asia. El trouxo estas plantas de volta a América para plantar ou cruzar con variedades americanas para producir plantas máis fortes. Foi o creador de moitos dos novos froitos, incluíndo as ameixas híbridas Hansen. O descubrimento e introdución da robusta alfafa acosel, herba de trigo con crista e herba bromus. Desenvolveu albaricoques e ameixas máis grandes que cruzaban variedades nativas coas que trouxo de Asia.
nunha viaxe de 1897 a Rusia, atopou a mazá salvaxe de Malus Niedzwetskyana de carne vermella e comezou a dous programas de reprodución sobre a base de Este froito inusual, un destinado a desenvolver unha cociña resistente ao frío para o consumo da mazá, e os outros destinados a desenvolver mazás salvaxes ornamentais. Os seus esforzos resultaron na mazá e na Silvestre Hopa Manzano, entre outras variedades. Cando descubriu que o criador de mazá noroeste de Albert Etter levouno o liderado na creación de híbridos de carne vermella, escribiu concesión a prioridade coas palabras “Mr.Tter, expiriume no meu destino”.
Hansen foi membro do xurado internacional de horticultura na Feira Mundial de San Luís, Missouri en 1904 e un delegado dos Estados Unidos para o primeiro Congreso Internacional de Xenetics en Londres, Inglaterra en 1906. Serviu como secretario do Dakota del South Horticultural Society por moitos anos. En 1949, un monumento en recoñecemento ao Dr. Hansen e as súas contribucións foron erigidas no Campus South Dakota State College.
Unha colección dos rexistros, documentos profesores e materiais relacionados de Niels Ebbesen Hansen quedan Nos arquivos da Universidade Estatal de Dakota do Sur.
- A abreviatura “Nehansen” úsase para indicar a Niels Ebbesen Hansen como autoridade na descrición e clasificación científica das verduras.