În timpul miocenului de mijloc, ridicarea gamei montane și scufundarea câmpiilor sud-americane, au permis intrarea apelor din Oceanul Atlantic pe continent; Bazinele râurilor Amazon și Paraná au fost inundate cu apele marine care formează mările epicontinentale și generând un sistem de estuarină care a adus cu ea noi resurse alimentare și habitat, care ar putea fi profita de populațiile ancestrale din Inia și Pontoporia cu aproximativ 15 milioane de ani în urmă .
În acest timp, bazinele Amazonului și Paraná au fost eventuale conectate între ele, formând canale marine care la sfârșitul Miocenului târziu au dispărut și au cauzat separarea bazinelor datorită sondajului continental; Această separare a provocat izolarea populațiilor ancestrale din Inia în bazinul Amazonului (America de Nord America de Sud) și populațiile Pontoporia în bazinul Paraná (America de Sud) acum 11,97 milioane de ani.
Genul inei la rândul său separat în două populații cu aproximativ 2,87 milioane de ani în urmă, datorită formării lui Madeira-Marmoé Rapids, principalele afluenți din sudul râului Amazon, dând naștere speciilor actuale din Inia Boliviensis și Inia Geoffrensis; Acestea din urmă cu două subspecii separate, având în vedere revoltarea zonei de munte Merida de 5 – 3,4 milioane de ani; Speciile care au locuit apoi bazinele Amazonului și ORINOCO, au fost separate în două bazine care se crede că au conectivitate prin canalul cerequiare, conectându-se astfel, partea superioară a râului negru (afluentă a râului Amazon) cu Orinoco dând naștere la două subspecii, Inia Geoffrensis Geoffrensis în Amazon și Inia Geoffrensis Humboldtiana în Orinoco.
Prin analiza moleculară În 2014, a fost descrisă o nouă specie din genul inei în America de Sud, Inia Araguauensis ; Acesta este distribuit în bazinul Aragua-Tocantins din Brazilia. Se consideră că specia s-au separat acum 2,07 milioane de ani ai speciei sora a Amazonului, având în vedere separarea bazinului Aragua-Tocantins din bazinul Amazonului.