trei grupe de organisme au fost utilizate în mod tradițional ca indicatori ai calității microbiologice a apei: coliforme totale, coliforme fecale și enterococi. Coliformele sunt organisme aerobe și aerobic facultativ, grame negative, spori de neconforme bacili, care produc acid și gaz de la fermentarea la lactoză. Coliformele nu au cerințe speciale pentru dezvoltarea lor și aparțin familiei enterobacteriaceae. Ele sunt de obicei găsite în intestinele vertebratelor. Coliformele sunt împărțite în două grupe, coliformele totale și coliformele fecale. Coliformele fecale sunt diferențiate de capacitatea lor de a fermenta lactoza și de a crește la 44,5 ° C. Cele mai frecvente coliforme sunt Escherichia coli și enterobacter Aerogenes. Cu toate acestea, există dovezi împotriva coliformelor ca indicatori ai contaminării.
Studii recente în diferite țări tropicale, inclusiv Puerto Rico, au găsit Escherichia coli în locuri ne-contaminate. De exemplu, coliformele au fost găsite în amonte pe râul Mamey printre satele Rio Grande și Luquillo (Torranzos și Drageado, 1992). E. coli poate supraviețui și rămâne activ din punct de vedere fiziologic și crește în funcție de nivelurile nutritive (Bermúdez și Hazen, 1988). Potrivit lui Hazen și Torranzos (1990) nu există o corelație pozitivă între prezența lui E. coli și a altor bacterii patogene, cum ar fi enterocolicy yersinia, legionella pneumophila și unele drojdii.