durante o mioceno médio, o levantamento da cordilheira dos Andes e a afundamento das planícies sul-americanas, permitiu a entrada das águas do Oceano Atlântico ao continente; As bacias dos rios Amazônia e Paraná foram inundadas com águas marinhas formando mares epicontinentais e gerando um sistema estuarine que trouxe novos recursos de alimentos e habitat, que poderiam ser aproveitados pelas populações ancestrais da INIA e Pontoporia há cerca de 15 milhões de anos .
Durante esse período, as bacias Amazonas e do Paraná eram possivelmente conectadas entre si, formando canais marinhos que no final do mioceno tardio desapareceram e causaram a separação das bacias devido à pesquisa continental; Esta separação causou o isolamento das populações ancestrais da Inia na Bacia Amazônica (América do Norte da América do Sul) e Pontoporia na Bacia do Paraná (América do Sul do Sul) 11,97 milhões de anos atrás.
O gênero Inia, por sua vez, foi Separados em duas populações cerca de 2,87 milhões de anos atrás, devido à formação de Rapids Madeira-Marmoé, principais afluentes do sul do rio Amazonas, dando origem à espécie atual Inia Boliviensis e Inia Geoffrensis; Este último com duas subespécies separadas, geograficamente, dada a revolta da montanha Mérida 5 – 3,4 milhões de anos atrás; As espécies que até então habitavam as bacias amazonas e o orinoco, foram separados em duas bacias que se acredita ter conectividade pelo canal do Cerequiera, conectando como esta, a parte superior do rio negro (afluente do rio Amazonas) com O orinoco que dá origem a duas subespécies, Inia Geoffrensis Geoffrensis na Amazônia e Inia Geoffrensis Humboldtiana, no Orinoco.
por análise molecular em 2014, uma nova espécie do gênero Inia na América do Sul, a inia Araguaaaaensis foi descrita ; É distribuído na Bacia Araguaia-Toocantins no Brasil. Considera-se que a espécie separou 2,07 milhões de anos atrás de suas espécies irmãs da Amazônia, dada a separação da Bacia Araguaia-Tocantins da Bacia Amazônica.