Três grupos de organismos foram tradicionalmente utilizados como indicadores de qualidade microbiológica de água: total coliformes, coliformes fecais e enterocci. Os coliformes são organismos aeróbicos e aeróbica facultativa, grama negativo, esporos não formadores de bacilos, que produzem ácido e gás da fermentação à lactose. Coliformes não têm requisitos especiais para o seu desenvolvimento e pertencem à família Enterobacteriaceae. Eles são geralmente encontrados nos intestinos dos vertebrados. Os coliformes são divididos em dois grupos, os coliformes totais e os coliformes fecais. Coliformes fecais são diferenciados por sua capacidade de fermentar lactose e crescer a 44,5 ° C. Os coliformes mais comuns são Escherichia Coli e Enterobacter Aerogenes. No entanto, há evidências contra coliformes como indicadores de contaminação.
Estudos recentes em diferentes países tropicais, incluindo Porto Rico, encontraram Escherichia coli em lugares não contaminados. Por exemplo, os coliformes foram encontrados a montante no rio Mamey entre as aldeias do Rio Grande e Luquillo (Torranzos e Dragaire, 1992). E. coli pode sobreviver e permanecer fisiologicamente ativo e crescer dependendo dos níveis de nutrientes (Bermúde e Hazen, 1988). De acordo com Hazen e Torranzos (1990) não há correlação positiva entre a presença de E. coli e outras bactérias patogênicas, como enterocolante Yersinia, Legionella pneumophila e algumas leveduras.