Suas origens voltam ao imperador Go-Toba. Considerado como um logotipo do Shogunate durante o período EDO, geralmente era usado como um objeto decorativo em vários suportes. Durante o período Meiji, o uso do selo imperial estritamente foi restrito ao Imperador do Japão, que usou um crisântemo de 16 pétalas com dezesseis dicas de uma segunda linha de pétalas entrelaçando-se com as do primeiro. Por esta razão, cada membro da família imperial usou sua própria versão do selo, aplicando pequenas modificações. Os santuários do xintoíssem também exibiram os elementos imperiais ou incorporados do selo em seus próprios emblemas.
Seu uso como um símbolo do país foi reforçado da Segunda Guerra Mundial. Desde então, o símbolo aparece nos passaportes dos cidadãos, na insígnia dos membros do Parlamento japonês, nas embaixadas ou em qualquer objeto, documento ou emblema que represente a autoridade do Imperador. Você também pode apreciar este emblema na ordem do crisântemo, a maior distinção no Japão.
Embora desde então tem sido caráter do emblema nacional de facto, até 2005 não houve lei que especifique seu uso como oficial do símbolo.