Durante il Middle Myocene, il sollevamento della catena montuosa delle Ande e l’affondamento delle pianure sudamericane, ha permesso l’ingresso delle acque dell’Oceano Atlantico al continente; I bacini dei fiumi Amazon e Paraná sono stati inondati di acque marine che formano mari epicontinentali e generano un sistema estuario che ha portato con sé nuove risorse alimentari e habitat, che potrebbero essere sfruttate dalle popolazioni ancestrali di INIA e PONTOPtoria circa 15 milioni di anni fa .
Durante questo periodo, i bacini Amazon e Paraná erano possibilmente collegati l’uno all’altro, formando canali marini che alla fine del tardo miocene sono scomparsi e causare la separazione dei bacini dovuti al sondaggio continentale; Questa separazione ha causato l’isolamento delle popolazioni ancestrali di INIA nel bacino amazzonico (Nord America del Sud) e delle popolazioni del Pontoporia nel Bacino di Paraná (Sud America meridionale) 11.97 milioni di anni fa.
Il genere Inia a turno era Separato in due popolazioni di circa 2,87 milioni di anni fa, a causa della formazione delle rapide di Madeira-Marmoé, dei principali affluenti del sud del fiume Amazzonia, dando origine alla specie attuale in Iss Boliviensis e inia Geoffrensis; Quest’ultimo con due sottospecie separse geograficamente date geograficamente la rivolta della catena montuosa di Merida 5 – 3,4 milioni di anni fa; La specie che per poi abitava i bacini amazzoni e l’Orinoco, è stato separato in due bacini che si ritiene che abbiano la connettività dal canale del Cerequare, collegando in questo modo, la parte superiore del fiume Black (Affluente del fiume Amazzonia) con L’Orinoco dà origine a due sottospecie, INIA Geoffrensis Geoffrensis in Amazon e Inia Geoffrensis Humboldtiana nell’Orinoco.
Per analisi molecolare nel 2014, è stata descritta una nuova specie del genere Inia in Sud America, è stata descritta in Araguaenis ; È distribuito nel bacino di Araguaia-Tantantins in Brasile. Si ritiene che la specie separasse 2,07 milioni di anni fa delle sue specie sorelle dell’Amazzonia, data la separazione del bacino di Araguaia-Tantantins dal bacino amazzonico.