Tre gruppi di organismi sono stati tradizionalmente utilizzati come indicatori di qualità microbiologica dell’acqua: coliformi totali, coliformi fecali e enterococchi. I coliformi sono organismi aerobici e aerobica facoltativa, grammo negativo, spore non formanti di bacilli, che producono acido e gas dalla fermentazione del lattosio. I coliformi non hanno requisiti speciali per il loro sviluppo e appartengono alla famiglia Enterobatteriaceae. Di solito si trovano nell’intestino dei vertebrati. I coliformi sono suddivisi in due gruppi, i coliformi totali e i coliformi fecali. I coliformi fecali sono differenziati dalla loro capacità di fermentare lattosio e crescere a 44,5 ° C. I coliformi più comuni sono Escherichia Coli e Enterobacter Aerogenes. Tuttavia, ci sono prove contro i coliformi come indicatori di contaminazione.
Studi recenti in diversi paesi tropicali, tra cui Porto Rico, hanno trovato Escherichia Coli in luoghi non contaminati. Ad esempio, i coliformi sono stati trovati a monte sul fiume Mamey tra i villaggi di Rio Grande e Luquillo (Torranzos e DraGado, 1992). E. coli può sopravvivere e rimanere fisiologicamente attivi e crescere a seconda dei livelli dei nutrienti (Bermúdez e Hazen, 1988). Secondo Hazen e Torranzos (1990) non vi è alcuna correlazione positiva tra la presenza di E. coli e altri batteri patogeni come enterocoloy yersinia, legionella pneumophila e alcuni lieviti.