Au cours du Myocène du milieu, la levée de la chaîne de montagnes Andes et le naufrage des plaines sud-américaines, a permis à l’entrée des eaux de l’océan Atlantique au continent; Les bassins des rivières Amazon et Paraná ont été inondés d’eaux marines formant des mers épicontinentales et générant un système estuarien qui a apporté avec ses nouvelles ressources en matière de nourriture et d’habitat, ce qui pourrait être exploité par les populations ancestrales de l’Inie et des pontopories il y a environ 15 millions d’années .
Pendant ce temps, les bassins Amazon et Paraná étaient éventuellement liés à l’autre, formant des canaux marins qui à la fin du Miocène tardif disparu et ont causé la séparation des bassins dues à une enquête continentale; Cette séparation a provoqué l’isolement des populations ancestrales de l’Inie dans le bassin amazonien (nord de l’Amérique du Sud) et des populations de pontopories dans le bassin de Paraná (Amérique du Sud) de 11,97 millions d’années.
Le genre Inia à son tour était Séparés dans deux populations il y a environ 2,87 millions d’années, en raison de la formation de Madère-Marmoé Rapids, principaux affluents du sud de la rivière Amazonie, donnant lieu à l’espèce actuelle de l’Inia Boliviensis et de Inia Geofffensis; Ce dernier avec deux sous-espèces distinctes géographiquement étant donné le soulèvement de la chaîne de montagnes Merida, il y a 5 à 3,4 millions d’années; L’espèce qu’avec ensuite habitées les bassins amazoniens et l’orinoco, a été séparée en deux bassins qui sont censés avoir une connectivité par le canal du cerveau, reliant comme ceci, la partie supérieure de la rivière Noire (afluent de la rivière Amazone) avec L’ORINOCO donnant lieu à deux sous-espèces, Inia GeoFgrensis GeoFfrensis dans l’Amazonie et Inia Geofffensis Humboldtiana de l’Orinoco.
Par analyse moléculaire En 2014, une nouvelle espèce du genre Inia en Amérique du Sud, l’Inia Araguaaensis a été décrite. ; Il est distribué dans le bassin Araguaia-ToCantins au Brésil. Il est considéré que l’espèce a séparé il y a 2,07 millions d’années de ses espèces sœurs de l’Amazonon, étant donné la séparation du bassin Araguaia-ToCantins du bassin amazonien.