Trois groupes d’organismes ont été traditionnellement utilisés comme indicateurs de qualité microbiologique de l’eau: coliformes totaux, coliformes fécaux et entérococcidi. Les coliformes sont des organismes aérobiques et de l’aérobic facultatif, de la gramme négative, des spores non formant des bacilles, qui produisent de l’acide et du gaz de fermentation du lactose. Les coliformes n’ont pas d’exigence particulière pour leur développement et appartiennent à la famille Enterobacteriaceae. On trouve généralement dans les intestins des vertébrés. Les coliformes sont divisés en deux groupes, les coliformes totaux et les coliformes fécaux. Les coliformes fécaux sont différenciés par leur capacité à fermenter le lactose et à se développer à 44,5 ° C. Les coliformes les plus courants sont Escherichia coli et des aérogènes Enterobacter. Cependant, il existe des preuves contre les coliformes comme indicateurs de contamination.
Des études récentes dans différents pays tropicaux, y compris Porto Rico, ont trouvé Escherichia coli dans des endroits non contaminés. Par exemple, des coliformes ont été trouvés en amont sur la rivière Mamey parmi les villages de Rio Grande et de Luquillo (Torranzos et Drageado, 1992). E. coli peut survivre et rester physiologiquement actif et se développer en fonction des taux de nutriments (Bermúdez et Hazen, 1988). Selon Hazen et Torranzos (1990), il n’existe aucune corrélation positive entre la présence de E. coli et d’autres bactéries pathogènes telles que la Yersinia entérocoly, legionella pneumophila et certaines levures.