Durante o mioceno medio, o levantamento da cordillera dos Andes eo afundimento das chairas sudamericanas permitiu a entrada de augas do Océano Atlántico ao continente; As cuncas dos ríos Amazonas e Paraná foron inundados con augas mariñas que formaban mares epicontinentales e xerando un sistema estuarino que trouxo consigo novos recursos alimentarios e hábitat, que poderían ser aproveitados polas poboacións ancestrais de Inia e Pontoporia hai uns 15 millóns de anos ..
Durante este tempo, as cuncas de Amazon e Paraná foron posiblemente conectadas entre si, formando canles mariñas que ao final do Mioceno tardío desapareceron e causaron a separación das cuncas debido á enquisa continental; Esta separación causou o illamento das poboacións ancestrais de Inia na conca de Amazonas (América do Norte) e as poboacións de Pontoporia na conca de Paraná (sur de América do Sur) hai 11,97 millóns de anos.
O xénero Inia á súa vez foi Separado en dúas poboacións fai uns 2.87 millóns de anos, debido á formación de Rapids Madeira-Marmoé, os principais afluentes do sur do río Amazonas, dando orixe á actual especie Inia Boliviensis e Inia Geoffrensis; Este último con dúas subespecies separadas dado geográficamente o levantamiento da Sierra Merida 5 – 3,4 millóns de anos atrás; As especies que ata entón habitadas as concas Amazon e Orinoco, foi separada en dúas concas, que se cre conectividade pola canle do cerequiare, ligando así, a parte superior do río negro (afluente do río Amazon) con O Orinoco dando lugar a dúas subespecies, Inia Geoffrensis Geoffrensis na Amazonia e Inia Geoffrensis Humboldtiana no Orinoco.
Por análise molecular en 2014, describiuse unha nova especie do xénero Inia en América do Sur, Inia Araguaensis ; Distribúese na cunca de Araguaia-Tocantins en Brasil. Considérase que a especie separou fai 2.07 millóns de anos da súa irmá especie do Amazonas, dada a separación da cunca de Araguaia-Tocantins da conca de Amazonas.