Tres grupos de organismos foron tradicionalmente utilizados como indicadores de calidade microbiolóxica de auga: coliformes totais, coliformes fecais e enterococci. Os coliformes son organismos aeróbicos e facultativos aeróbic, Gram-negativa, bacilos esporas non formador, que producen ácido e gas a partir de fermentación da lactosa. Os coliformes non teñen requisitos especiais para o seu desenvolvemento e pertencen á familia Enterobacteriaceae. Adoitan atoparse nos intestinos dos vertebrados. Os coliformes están divididos en dous grupos, os coliformes totais e os coliformes fecais. Os coliformes fecais están diferenciados pola súa capacidade para fermentar a lactosa e crecer a 44,5 ° C. Os coliformes máis comúns son Escherichia Coli e Enterobacter aergenes. Non obstante, hai evidencias contra coliformes como indicadores de contaminación.
Estudos recentes en diferentes países tropicais, incluíndo Porto Rico, atoparon Escherichia Coli en lugares non contaminados. Por exemplo, atopáronse coliformes sobre o río Mamey entre as aldeas de Río Grande e Luquillo (Torranzos e Dragueado, 1992). E. coli pode sobrevivir e permanecer fisioloxicamente activo e crecer dependendo dos niveis de nutrientes (Bermúdez e Hazen, 1988). Segundo Hazen e Torranzos (1990) non hai unha correlación positiva entre a presenza de E. coli e outras bacterias patóxenas como a enterocidade de Yersinia, a legionella pneumophila e algunhas leveduras.