As túas orixes remóntanse ao emperador Go-Toba. Considerado como logotipo do shogunato durante o período Edo, normalmente usouse como obxecto decorativo en múltiples soportes. Durante o período Meiji, o uso do selo imperial estaba estrictamente restrinxido ao emperador de Xapón, que usou un crisântemo de 16 pétalos con dezaseis consellos dunha segunda fila de pétalos que entrelazan cos do primeiro. Por este motivo, cada membro da familia imperial utilizou a súa propia versión do selo, aplicando lixeiras modificacións. Os santuarios de Shinto tamén exhibiron o selo imperial ou os elementos incorporados do selo nos seus propios emblemas.
O seu uso como símbolo do país foi reforzado desde a Segunda Guerra Mundial. Desde entón, o símbolo aparece nos pasaportes dos cidadáns, na insignia dos membros do parlamento xaponés, nas embaixadas ou en calquera obxecto, documento ou emblema que representa a autoridade do emperador. Tamén pode apreciar este emblema na orde do crisântemo, a máis alta distinción en Xapón.
Aínda que desde entón foi carácter do emblema nacional de facto, ata 2005 non había ningunha lei que especifique o seu uso como un Oficial do símbolo.