Totes les cèl·lules amb nucli -siguin de colònies de llevats, de plantes o d’humans- posseeixen una organització interna complexa, que s’assembla a la d’una ciutat ben administrada. Potser el més notable rau en què, per a la bona marxa de la cèl·lula i de la ciutat, ambdues compten amb la coordinació de les activitats de departaments especialitzats. En les cèl·lules, com recintes estan emmurallats per membranes i reben el nom d’orgànuls.
Un breu passeig per alguns dels principals departaments d’aquestes “ciutadelles” cel·lulars podria molt bé començar per la membrana externa, ella, al seu torn, un orgànul. Aquesta estructura ens evoca la muralla amb portes llevadisses que circumdaven les ciutadelles de l’antiguitat, ja que controla l’entrada de nutrients i altres materials, així com la sortida de productes sintetitzats al seu interior. Un altre departament clau, situat a l’interior profund de les cèl·lules, funciona com un centre d’elaboració. Es tracta del reticle endoplasmàtic, on es produeixen moltes proteïnes, components fonamentals de les cèl·lules. Les proteïnes acabades de sintetitzar es transporten a un altre departament, a l’aparell de Golgi, on es modifiquen (sovint amb l’addició de sucres) i, finalment, s’envien a altres destinacions, dins o fora de la cèl·lula. L’aparell de Golgi constitueix un dels principals centres de distribució de les nostres ciutadelles microscòpiques.