Debret va estudiar a l’Acadèmia francesa de Belles Arts i va estudiar en cursos amb el seu cosí Jacques-Louis David (1748-1825). Va acompanyar a David a Roma en la dècada de 1780. El seu debut va ser al Salon des Beaux Arts de 1785, on va obtenir el segon premi.
Va viatjar al Brasil al març de 1816 com a membre de la Missió artística francesa , un grup d’artistes francesos bonapartistes i artesans. Aquest grup anava amb la intenció de crear un liceu d’arts i oficis a Rio de Janeiro que després es va conèixer com (Escola Reial d’Arts i Ofícios). sota els auspicis de el rei D. João VI i el Comte da Barca, que més tard es va convertir en l’Acadèmia Imperial de Belas-Arts (Acadèmia Imperial de Belles Arts) sota l’emperador Dom Pedro I.
Com un pintor afavorit en primer lloc per la cort portuguesa en exili i més tard per la cort imperial a Rio, Debret era sovint l’encarregat de pintar retrats de molts dels seus membres, com el rei de Portugal Dom João VI i l’Archiduquesa Maria Leopoldina d’Àustria, la primera emperadriu del Brasil, qui es va casar amb D. Pedro I (Debret va rebre l’encàrrec de produir una pintura de la seva arribada per al matrimoni en el port de Rio, així com l’aclamació de públic de el nou emperador). El va establir el seu taller a l’Acadèmia Imperial al desembre de 1822 i es va convertir en un valuós professor en 1826. En 1829 Debret va organitzar la primera exposició d’arts que tindrà lloc al Brasil, en què va presentar moltes de les seves obres, així com de les seves deixebles. Emulant el paper de David durant l’Imperi Francès, Debret va participar també en els ornaments de dibuix per a molts dels actes públics i festivitats oficials de la Cort, i fins i tot alguns dels uniformes dels cortesans s’acrediten a ell.
Es cartejava sovint amb el seu germà a París. Després d’adonar-se el interès del seu germà en la seva descripció de la vida quotidiana al Brasil, va començar a dibuixar escenes del carrer, vestits regionals i relacions dels brasilers en el període comprès entre 1816 i 1831. Va prendre un interès particular en l’esclavitud dels negres i en els pobles indígenes al Brasil. Junts amb el pintor alemany, Johann Moritz Rugendas (1802-1858), el seu treball és un dels documents gràfics més importants de la vida al Brasil durant les primeres dècades de segle XIX.
Debret va tornar a França en 1831 i es va convertir en membre de l’Academie des Beaux Arts. Des 1834-1839 va publicar la seva sèrie monumental de tres volums de gravats, titled Voyage pittoresque et Historique au Brésil, ou Séjour d’1 Artiste Français au Brésil ( “Un pintoresc i històric viatge al Brasil, o la permanència d’un artista francès al Brasil “) .Desafortunadamente l’obra no va ser un èxit comercial. Per sobreviure, va fer litografies que representen obres del seu cosí llunyà, David, però les edicions van ser molt limitades i els diners escassejava. Debret va morir pobre a París el 1848.