La majoria dels habitants de Jaisalmer són de la casta Bhatti, principalment Rajputs, que prenen el seu nom per un antecessor anomenat Bhatti, qui va aconseguir gran fama com guerrer quan la seva tribu es trobava en el Panjab. Poc després, aquest clan va ser conduït cap al sud i va trobar refugi en el desert indi que es va convertir en la seva llar forçat.
Tota la zona que van ocupar era part de l’Imperi Gurjara-Pratihara i fins al segle XI va estar controlada per un poderós rei Bargujar. Deoraj, un príncep de la família Bhati, és considerat el fundador real de la dinastia de Jaisalmer; a partir d’ell va començar a emprar-se el terme de rawal. En 1156 Rawal Jaisal, el sisè en la successió de Deoraj, va fundar el fort i la ciutat de Jaisalmer i el va convertir en capital, abandonant l’antiga que es trobava en Lodhruva i que es troba a 15 km a nord-oest de Jaisalmer) .En el any 1293 els Bhattis irritar tant a l’emperador Ala-ud-din Khilji que l’exèrcit d’aquest va prendre i va saquejar el fort i la ciutat de Jaisalmer; d’aquesta manera, la ciutat va passar molt de temps deserta. Després d’això no hi ha dades rellevants fins a l’època de Rawal Sahal Singh, el regnat va marcar una època en la història Bhatti, ja que va reconèixer la supremacia de l’emperador mogol, (no mongol) amb el Sha Jahan. És en aquest punt quan els prínceps de Jaisalmer havien aconseguit el cim del seu poder, però des d’aquest moment fins a 1762, amb l’ascens de l’Rawal Mulraj, la seva riquesa i influència no va fer sinó declinar, perdent moltes de les províncies adjacents.
El 1818 Mulraj va entaular contacte polític amb els britànics. Maharawal Salivahan, nascut el 1887, li va succeir en la prefectura en 1891.
Els majarás de Jisalmer tracen el seu llinatge fins Jaitsimha, un líder de l’clan Bhatti Rajput. Els principals oponents, per ser els més poderosos, dels Bhatti Rajput eren els clans Rathor de Jodhpur i Bikaner. Aquests clans solien lluitar per la possessió d’aqüífers, bestiar o forts. Jaisalmer es trobava en una posició estratègica i era un lloc de pas per la ruta tradicional de comerç travessada per caravanes de camells de mercaders indis o asiàtics. La ruta unia l’Índia amb Àsia Central, Egipte, Aràbia, Pèrsia, Àfrica i l’oest.