Durant el Miocè mitjà, l’aixecament de la Serralada dels Andes i l’enfonsament de les planes Sud-americanes, va permetre l’entrada d’aigües de l’oceà Atlàntic a el continent; les conques dels rius Amazones i Paraná es van inundar d’aigües marines formant mars epicontinentals i generant un sistema estuarino que va portar amb si nous recursos alimentaris i d’hàbitat, que van poder ser aprofitades per les poblacions ancestrals de Inia i Pontoporia fa aproximadament 15 milions d’anys.
Durant aquesta època, les conques de l’Amazones i de l’Paraná possiblement es trobaven connectades entre si, formant canals marins que a finals de l’Miocè tardà van desaparèixer i van causar la separació de les conques a causa de l’aixecament continental; aquesta separació va ocasionar l’aïllament de les poblacions ancestrals de Inia a la conca de l’Amazones (Nord de Sud-amèrica) i les poblacions de Pontoporia a la conca de l’Paraná (Sud de Sud-amèrica) fa 11.970.000 d’anys.
el gènere Inia al seu torn es va separar en dues poblacions fa aproximadament 2.870.000 d’anys, a causa de la formació dels ràpids Madeira-Marmore, afluents principals de sud de el Riu Amazones, donant origen a les actuals espècies Inia boliviensis i Inia geoffrensis; aquesta última amb dues subespècies separades geogràficament donat l’aixecament de la serralada de l’Mèrida fa 5 – 3,4 milions d’anys; l’espècie que per llavors habitava les conques de l’Amazones i l’Orinoco, va quedar separada en dues conques que es creu tenen connectivitat pel canal de l’Casiquiare, connectant així, la part alta de el Riu Negre (afluent del riu Amazones) amb l’Orinoco donant lloc a dues subespècies, Inia geoffrensis geoffrensis a l’Amazones i Inia geoffrensis humboldtiana en l’Orinoco.
Per anàlisis moleculars en l’any 2014, es va descriure una nova espècie de el gènere Inia a Sud-amèrica, INIA aRAGUAIAENSIS; es troba distribuïda a la conca de l’Araguaia-Tocantins al Brasil. Es considera que l’espècie es va separar fa 2,07 milions d’anys de la seva espècie germana de l’Amazones, donada la separació de la conca de l’Araguaia-Tocantins de la conca de l’Amazones.