Tradicionalment s’han utilitzat tres grups d’organismes com a indicadors de la qualitat microbiològica de l’aigua: coliformes totals, coliformes fecals i enterococs. Els coliformes són organismes aeròbics i aeròbics facultatius, Gram negatius, bacils no formadors d’espores, que produeixen àcid i gas de la fermentació de lactosa. Els coliformes no tenen requeriments especials per al seu desenvolupament i pertanyen a la família Enterobacteriaceae. Usualment es troben en els intestins dels vertebrats. Els coliformes es divideixen en dos grups, els coliformes totals i els coliformes fecals. Els coliformes fecals es diferencien per la seva habilitat de fermentar lactosa i créixer a 44,5 ° C. Els coliformes més comuns són Escherichia coli i Enterobacter aerogenes. No obstant això, existeix evidència en contra dels coliformes com a indicadors de contaminació.
Estudis recents en diferents països tropicals, incloent Puerto Rico, han trobat a Escherichia coli en llocs no contaminats. Per exemple, s’ha trobat coliformes riu amunt en el Riu Mameyes entre els pobles de Riu Gran i Luquillo (Toranzos i delagat, 1992). E. coli pot sobreviure i romandre fisiològicament activa i créixer depenent dels nivells de nutrients (Bermúdez i Hazen, 1988). D’acord amb Hazen i Toranzos (1990) no hi ha una correlació positiva entre la presència d’E coli i altres bacteris patògens com Yersinia enterocolitica, Legionella pneumophila i alguns llevats.