Huayna Capac, anomenat originalment Titu Cusí Huallpa, a l’accedir a l’tron Inca va prendre el nom d’Huayna Capac. No obstant haver adoptat com a conseller al seu oncle el auqui Topa Inca, el seu ascens a el poder va ser difícil, tenint fins i tot de viure per un temps amagat per escapar de les intrigues de la cobdiciosa Chuqui Ocllo, concubina del seu pare, a qui havia enverinat per permetre que el seu fill Capac Huari fora entronitzat inca. Havent aconseguit el suport de cert sector de la noblesa per als seus propòsits, Chuqui Ocllo va propiciar una insurrecció que va ser finalment debel.lada pel general Otorongo Achachi, militar de gran prestigi i experiència, qui va liquidar als capitosts, començant per Chuqui Ocllo; Capac Huari va ser perdonat però se li va bandejar a Chinchero, perquè morís en el mateix lloc on la seva mare envenó al seu pare. La crisi no va acabar allà, doncs Titu Cusí Huallpa era encara menor d’edat, pel que va ser necessari nomenar-1 incap raptin (regent). La noblesa va designar a Apo Huallpaya, oncle de el jove hereu a l’tron, qui al poc temps també conspirava en favor d’un fill seu, en col·laboració amb el clergat solar. Dit complot va ser descobert per Huaman Achachi gràcies a la denúncia d’un grup de lladres, que després de prendre diversos cistells de coca a uns mitayos que es dirigien a l’Cusco, van trobar armes al seu interior. Després de les investigacions pertinents es va disposar la captura i mort dels compromesos.
Huayna Capac és nomenat Inca
Un cop reconegut com Inca, Huayna Capac va mantenir l’imperi pacificat, per a això va visitar amb freqüència el seu territori i va nomenar funcionaris administratius en tot tipus d’activitats. Va designar al seu fill Topa Cusí Huallpa (Huáscar) com el seu successor, permetent-correinar. Lo a càrrec del govern de l’Cusco, va emprendre una expedició a l’Chinchaysuyo, composta per un exèrcit i dos-cents mil homes, sense incloure dones i yanas. A el passar pel regne dels huancas va disposar la segregació d’aquest regne en tres districtes o sayas autònomes, per tal de culminar les antigues rivalitats dels Jatun curacas de hanan i urin, efectiva mesura amb la qual va desestructurar a l’poderós regne huanca.
Va penetrar a la província de Chachapoyas sufocant una rebel·lió, i va emprendre des d’allí la conquesta de Chilcho a Moyobamba. De Tumipampa va enviar tropes per posar en ordre a huancavilcas i chonos, però a causa de les inclemències de l’clima tòrrid de la costa li va ser impossible restablir el control directe, arribant a un acord pel qual aquests pagarien un tribut a cargols de mar, evitant-se futures incursions els cuzqueños. Gairebé simultàniament va llançar un altre exèrcit contra carangues, cayambes i pastures, ètnies de l’extrem septentrional, a les que va derrotar després d’una llarga lluita que va durar deu anys. Els rebels van ser vençuts i massacrats a la batalla de Cocharangue, que a partir d’aquesta data es va denominar Yawarcocha (llac de sang), en record de les aigües tenyides de vermell. Posteriorment va tenir notícia d’una incursió de tropes guaranís a l’Collao, ordenant al seu capità Yasca la reconquesta de la guarnició de Cuzcotullo. Centenars de guaraníes van ser presos presoners i traslladats a Vilcanota, on van ser coneguts com chiriguanos. En el seu temps l’imperi va aconseguir la seva màxima expansió i esplendor, arribant fins al riu Ancasmayo (actual riu Carchi que separa Equador de Colòmbia).
També va adquirir importància la llacta de Quito, situada al nord, residència de centenars de mitmas inques , designats per al control de les subversives terres de Carangue, Cayambe i Pastura, però el Cusco va mantenir la seva hegemonia política. En una de les seves incursions a la costa Huayna Capac es va contagiar d’una estranya malaltia que estava fent estralls en la població de nord de l’imperi, morint en el seu palau de Tumipampa. La seva mort va crear una crisi successòria, donant lloc a una guerra civil entre els seus fills Huáscar i Atahualpa.
