Composició i topografia
Les illes muntanyoses de l’arxipèlag formen un arc des de les costes de l’est d’Àsia. El territori nacional inclou les petites illes Bonin o Ogasawara incloent l’illa Iwo Jima aproximadament a 1100 quilòmetres de les illes principals. La particularitat que el Japó sigui un arxipèlag produeix que cap punt del Japó estigui a més de 150 quilòmetres de la mar.
Les quatre illes principals es troben separades per estrets canals i tres d’elles (Honshu, Shikoku i Kyūshū) pel Mar interior de Tanca. A l’extrem meridional es troben les illes Ryukyu a 970 quilòmetres a sud de la tercera gran illa, Kyūshū. A El punt més proper a el continent asiàtic és la Península de Corea a una distància aproximada de 200 quilòmetres. Sempre va estar connectada amb el continent a través de rutes marítimes de comerç: al nord amb Sibèria, a l’oest des de les illes Tsushima cap a la península coreana i al sud amb els ports de sud de la Xina.
Té aproximadament un 84 % de territori muntanyós, el 14% de la superfície es dedica a activitats agrícola-ramaderes, el 66% a boscos i el 20% restant està dedicat a altres usos, a causa que les seves illes són una cadena muntanyosa a la part submergida de la plataforma continental, sent les illes seus becs. Només prop de l’25% del territori és pla i és on es concentra la població. Una llarga cadena muntanyosa divideix l’arxipèlag per la meitat, una de les quals es troba de la banda de l’oceà Pacífic i l’altra de la banda de la mar de Japó (la qual cosa s’aprecia en el mapa topogràfic). A la meitat de el Pacífic hi ha escarpades muntanyes, d’entre 1500 i 3000 metres d’altura aproximadament, que formen profundes valls i congostos. Al centre convergeixen 3 cadenes muntanyoses: les Hida, les Kiso i les Akaishi, les quals formen els Alps Japonesos, sent Kitadake la seva muntanya més alta amb 3193 metres, però la segona en altura de país. El punt més alt del territori es troba a la Muntanya Fuji, un volcà dormit des de 1707 de 3776 metres situat a la prefectura de Shizuoka.
Cap de les planes o valls habitades és àmplia. La més gran és la plana de Kanto, on està situat Tòquio, i només té 13000 quilòmetres quadrats. Altres planes importants són: la de Plana de Nōbi, que envolta Nagoya; la de Kinki, a l’àrea d’Osaka-Kyoto; la de Sendai, que envolta la ciutat de Sendai a nord-est de Honshū i la de Ishikari a Hokkaidō. La majoria d’aquestes planes estan al llarg de la costa. A La petita part de terra habitable va patir diverses modificacions en el seu terreny al llarg dels segles. Les terres pròximes a la mar i als rius té nombroses construccions de dics i drenatges, molts pujols i muntanyes estan tallades en terrasses esglaonades per augmentar el terreny cultivable i per augmentar el terreny edificable. Aquest procés de modificació de l’mig continua actualment amb l’extensió de la línia costanera i la construcció d’illes artificials per a les indústries i per al creixement de l’port. Un exemple d’això és l’Aeroport Internacional de Kansai, a la badia d’Osaka.: Els rius de Japó solen ser ràpids i abruptes, només uns pocs són navegables36 i la majoria solen tenir menys de 300 quilòmetres de llarg. Tot i això, el Japó aconsegueix aprofitar aquests rius per produir energia hidroelèctrica, encara que aquest recurs es troba explotat gairebé fins a la seva capacitat.El riu més llarg del territori és el Shinano, el qual neix a la prefectura de Nagano fins a la prefectura de Niigata on desemboca al mar de Japó, però només té 367 quilòmetres de llarg. La major reserva d’aigua es troba en el llac Biwa a nord-est de Kyoto.
L’extensió de la costa navegable especialment en el mar de Tanca, compensa la manca de rius navegables. La costa pacífica sud de Tòquio té la característica de ser llarga i d’augmentar la seva profunditat de forma molt gradual a causa de la sedimentació.